Theo kết luận điều tra, khoảng giữa năm 2020, Nguyễn Duy Hưng, Chủ tịch HĐQT Tập đoàn Thuận An nhờ Phạm Thái Hà, khi đó là Trợ lý Bí thư Thành ủy Hà Nội giới thiệu với Phạm Hoàng Tuấn, Giám đốc Ban QLDA Hà Nội để Tập đoàn Thuận An được tham gia thi công một phần Dự án Cầu Vĩnh Tuy 2.
Sau đó, Hà mời Tuấn và Nguyễn Anh Đức, Trưởng phòng Kế hoạch - Tổng hợp thuộc Ban QLDA Hà Nội ăn cơm và giới thiệu Tập đoàn Thuận An chuyên thi công cầu đường, có năng lực, Hà đề nghị Tuân xem xét tạo điều kiện cho Tập đoàn Thuận An khi có công việc (nhưng không nói cụ thể là công việc gì).
Sau đó một thời gian, Hưng chủ động đến phòng làm việc của Tuấn tại Ban QLDA Hà Nội và đề nghị quan tâm sắp xếp cho Tập đoàn Thuận An được tham gia thực hiện một phần công trình Dự án Cầu Vĩnh Tuy 2, Tuấn nói để Tuấn nghiên cứu.
Sau một thời gian, tại 01 buổi ăn sáng ở nhà nguyên Bí thư Thành ủy Hà Nội, Tuấn báo cáo về tình hình triển khai các Dự án giao thông, trong đó có dự án cầu Vĩnh Tuy 2.
Trong bữa ăn này, Tuấn thấy có cả Chủ tịch Tập đoàn Thuận An nên cũng hiểu Hưng có mối quan hệ thân thiết. Bởi vậy, vài hôm sau, khi Hưng đến phòng làm việc của Tuấn và tiếp tục đề nghị cho Tập đoàn Thuận An tham gia thi công Dự án Cầu Vĩnh Tuy 2, Tuấn đồng ý và nói sẽ chỉ đạo cấp dưới tạo điều kiện trong quá trình đấu thầu để Tập đoàn Thuận An trúng thầu thi công Dự án này.
Chủ tịch Tập đoàn Thuận An Nguyễn Duy Hưng
Sau đó, Hưng chỉ đạo Trần Anh Quang, khi đó là Phó Tổng giám đốc Tập đoàn Thuận An liên hệ, phối hợp với Ban QLDA Hà Nội để thực hiện các hồ sơ, thủ tục đấu thầu.
Đến giữa năm 2020, Tuấn nhiều lần chỉ đạo Nguyễn Chí Cường và Phạm Văn Duân, Phó Giám đốc Ban QLDA Hà Nội tạo điều kiện để Tập đoàn Thuận An tham gia thi công Dự án Cầu Vĩnh Tuy 2.
Trong thời gian này, biết thông tin Ban QLDA Hà Nội tổ chức đấu thầu rộng rãi một số gói thầu Dự án Cầu Vĩnh Tuy 2, Trần Việt Khoa, Chủ tịch kiêm Tổng Giám đốc Công ty Cầu 7 Thăng Long đến Phòng Giám sát 2 gặp Đỗ Đình Phan, Trường phòng hỏi thông tin về dự án. Phan nói thông tin được công khai trên mạng và Tập đoàn Thuận An cũng quan tâm đến Dự án này, nếu hai bên kết hợp được với nhau thì tham gia đấu thầu. Hai bên thoả thuận, Công ty Thuận An tham gia 70%, Công ty Cầu 7 tham gia 30% giá trị gói thầu và đứng đầu liên danh tham gia đấu thầu Gói thầu số 02, dự án cầu Vĩnh Tuy 2.
Nhận sự chỉ đạo của các lãnh đạo Ban QLDA Hà Nội, Phòng Giám sát 2 móc ngoặc với Tập đoàn Thuận An, chỉ đạo, yêu cầu đơn vị Tư vấn đấu thầu, chấm thầu (Công ty Cổ phần CFTD Sáng Tạo) thông đồng, tiết lộ, cung cấp thông tin về hồ sơ mời thầu, dự toán gói thầu trước thời điểm phát hành HSMT; Kiểm tra, chấm trước HSDT của Tập đoàn Thuận An và liên danh nhà thầu trước thời điểm đóng thầu, mở thầu; cho phép Tập đoàn Thuận An được thay thế, bổ sung HSDT sau khi đã đóng thầu, giúp Tập đoàn Thuận An trúng thầu Gói thầu số 02, trái quy định Luật Đấu thầu năm 2013.
Kết quả điều tra xác định, quá trình đấu thầu, thi công, các bị can tại Ban QLDA đã nhận tiền “cơ chế" ngoài hợp đồng của Liên danh Tập đoàn Thuận An - Công ty Cầu 7 Thăng Long, tạo điều kiện đẩy nhanh thủ tục nghiệm thu, thanh toán.
Trong đó, chi cho Giám đốc Ban QLDA 2 tỷ đồng (tương đương 1% giá trị trúng thầu), Phó giám đốc phụ trách 1% số tiền được thanh toán, Phòng giám sát 2% số tiền được thanh toán, tổ tư vấn giám sát 0,5% khối lượng nghiệm thu... Cụ thể, 13 cá nhân tại Ban QLDA Hà Nội đã nhận tổng cộng hơn 12 tỷ đồng (Phạm Hoàng Tuấn, Giám đốc Ban QLDA Hà Nội từ năm 2020 đến tháng 12/2021 nhận 2 tỷ đồng, Phó Giám đốc Ban QLDA Nguyễn Chí Cường 2 tỷ đồng, Giám đốc Ban quản lý dự án Phạm Văn Duân 2,32 tỷ đồng, một số Trưởng, Phó phòng nhận từ 1,1 đến 1,7 tỷ đồng…)
Ngoài ra, Nguyễn Duy Hưng còn gửi giá trên hóa đơn mua vật tư đầu vào đối với 04 đơn vị thi công và nhà cung cấp vật liệu đưa vào hồ sơ nghiệm thu, thanh toán, gây thiệt hại tài sản Nhà nước gần 9,3 tỷ đồng.