Theo kết luận của UBKT Trung ương, Ban Thường vụ Đảng ủy PVN giai đoạn 2009 - 2015 đã thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, chỉ đạo, buông lỏng công tác kiểm tra, giám sát, quản lý tổ chức đảng, đảng viên; không kiểm tra, xem xét, xử lý trách nhiệm đối với nhiều cán bộ, lãnh đạo đơn vị trực thuộc Tập đoàn có vi phạm, khuyết điểm để các đơn vị hoạt động không hiệu quả, thua lỗ nhiều năm vẫn được Tập đoàn điều động, luân chuyển, bổ nhiệm, có trường hợp điều động, bổ nhiệm chức vụ cao hơn; để nhiều cán bộ vi phạm nghiêm trọng kỷ luật đảng và pháp luật nhà nước, bị khai trừ ra khỏi Đảng và xử lý hình sự, trong đó có cả cán bộ lãnh đạo chủ chốt của Tập đoàn. Chấp hành không nghiêm ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ trong việc kiểm điểm trách nhiệm để Tổng Công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí Việt Nam (PVC) thua lỗ nghiêm trọng.
Ban Thường vụ Đảng ủy PVN giai đoạn này còn thiếu trách nhiệm trong việc tham mưu cho Đảng ủy Tập đoàn ban hành Nghị quyết số 233/NQ-ĐU, ngày 17-8-2009 có nội dung không phù hợp với quy định của pháp luật, không đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, dẫn đến Hội đồng Thành viên (HĐTV), Ban Tổng Giám đốc Tập đoàn và các tổng công ty thành viên quyết định chỉ định nhiều gói thầu trái pháp luật. Để HĐTV ban hành các nghị quyết, quyết định chỉ định nhiều gói thầu với tổng giá trị lớn, vi phạm nghị định của Chính phủ; tham mưu, đề xuất Thủ tướng Chính phủ cho chỉ định nhiều gói thầu không bảo đảm các điều kiện theo quy định của pháp luật.
Thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, chỉ đạo trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản, thực hiện các dự án đầu tư dẫn đến HĐTV và một số đơn vị thành viên có vi phạm rất nghiêm trọng, để mất vốn đầu tư gần 900 tỷ đồng; trong đó góp vốn vào Ngân hàng Cổ phần Đại dương (OceanBank) mất 800 tỷ đồng. Để HĐTV ban hành Nghị quyết số 4266/NQ-DKVN, ngày 16/05/2011 góp vốn đầu tư vượt mức quy định vào OceanBank, trái quy định của Luật các Tổ chức tín dụng, gây thiệt hại rất nghiêm trọng cho Tập đoàn. Đáng chú ý, nhiều khoản đầu tư của Tập đoàn bị tổn thất, tiềm ẩn rủi ro khó thu hồi vốn đầu tư với tổng số tiền rất lớn.
Liên quan đến việc này, UBKT Trung ương khẳng định, ông Đinh La Thăng, Uỷ viên Bộ Chính trị, Bí thư Thành uỷ TPHCM, nguyên Bí thư Đảng uỷ, nguyên Chủ tịch HĐTV Tập đoàn PVN chịu trách nhiệm người đứng đầu về các vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy, HĐTV Tập đoàn PVN trong giai đoạn 2009 – 2011. Chịu trách nhiệm khi ký ban hành Nghị quyết 233/NQ-ĐU, ngày 17-3-2009 của Đảng uỷ Tập đoàn có nội dung không phù hợp với quy định pháp luật để HĐTV, Ban Tổng Giám đốc Tập đoàn và các tổng công ty thành viên quyết định chỉ định nhiều gói thầu trái pháp luật;
Cũng theo UBKT Trung ương, ông Thăng vi phạm Quy chế làm việc Hội đồng quản trị (HĐQT) Tập đoàn trong việc ký thỏa thuận tham gia góp vốn tại Văn bản số 6934, ngày 18-9-2008 giữa đồng chí Đinh La Thăng, Chủ tịch HĐQT Tập đoàn và Chủ tịch HĐQT Oceanbank (có nội dung: Tập đoàn tham gia góp vốn 20% trở lên; cử cán bộ tham gia quản trị, điều hành; đề nghị các đơn vị thành viên sử dụng dịch vụ của Oceanbank) trước khi HĐQT Tập đoàn họp thống nhất nội dung trên.
Chịu trách nhiệm trong việc HĐTV ban hành Nghị quyết số 4266/NQ-DKVN góp vốn vượt mức quy định vào OceanBank, trái quy định của Luật các Tổ chức tín dụng, gây thiệt hại rất nghiêm trọng cho PVN. Chịu trách nhiệm trong việc HĐTV ban hành một số nghị quyết, quyết định chỉ định nhiều gói thầu với tổng giá trị lớn, vi phạm các nghị định của Chính phủ; tham mưu, đề xuất Thủ tướng Chính phủ cho chỉ định nhiều gói thầu không bảo đảm các điều kiện theo quy định của pháp luật. Chấp thuận cho PVC được miễn bảo lãnh thực hiện hợp đồng đối với công trình, dự án do Tập đoàn chỉ định cho PVC thực hiện và chấp thuận cho Tổng công ty cổ phần Dịch vụ Kỹ thuật Dầu khí (PTSC) được miễn bảo lãnh thực hiện hợp đồng đối với Hợp đồng thiết kế, mua sắm, xây dựng (EPC) Nhà máy Nhiên liệu sinh học Dung Quất, vi phạm Luật Đấu thầu năm 2005.
Ông Thăng cũng có trách nhiệm trong việc ban hành chủ trương, quyết định đầu tư phân tán, dàn trải; thiếu kiểm tra, giám sát quá trình triển khai thực hiện các dự án ở thời kỳ Đồng chí làm lãnh đạo Tập đoàn, dẫn đến hiệu quả đầu tư thấp; một số dự án phải dừng, giãn, hoãn tiến độ, thua lỗ kéo dài, gây thất thoát, lãng phí, mất vốn đầu tư, gây hậu quả rất nghiêm trọng (trong đó có Dự án Nhà máy sản xuất xơ sợi Polyeste Đình Vũ và các dự án nhiên liệu sinh học).
Đối với ông Phùng Đình Thực, nguyên Phó Bí thư Đảng ủy, ủy viên HĐQT kiêm Tổng giám đốc PVN từ năm 2008 - 2010 và Bí thư Đảng uỷ, Chủ tịch HĐTV từ tháng 9-2011 – 7-2014, phải chịu trách nhiệm người đứng đầu về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn trong giai đoạn 2011 – 2014; có trách nhiệm trong việc ban hành Nghị quyết 233/NQ-ĐU của Đảng uỷ và Nghị quyết số 4266/NQ-DKVN của HĐTV, gây hậu quả rất nghiêm trọng. Vi phạm công tác tổ chức, cán bộ, thiếu trách nhiệm trong việc nhận xét không đúng đối với Trịnh Xuân Thanh khi chuyển công tác về Bộ Công thương; không chỉ đạo xem xét vi phạm của Nguyễn Xuân Sơn khi làm Tổng Giám đốc Oceanbank; chịu trách nhiệm cùng Tập thể Ban Thường vụ Đảng ủy, HĐTV khi làm quy trình đề nghị cấp có thẩm quyền bổ nhiệm Nguyễn Xuân Sơn từ Phó Tổng Giám đốc lên Chủ tịch HĐTV và Bí thư Đảng ủy Tập đoàn năm 2014. Có trách nhiệm liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm tại Dự án Nhà máy sản xuất xơ sợi Polyeste Đình Vũ và các dự án nhiên liệu sinh học.
Ông Đỗ Văn Hậu, nguyên Phó Bí thư Đảng uỷ, Thành viên HĐTV, Tổng Giám đốc PVN từ tháng 11-2011 – 10-2014 cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn trong thời gian nêu trên. Có trách nhiệm trong việc ban hành Nghị quyết 233/NQ-ĐU của Đảng uỷ và Nghị quyết số 4266/NQ-DKVN của HĐTV, gây hậu quả rất nghiêm trọng. Thiếu trách nhiệm trong việc nhận xét có nội dung không đúng đối với Trịnh Xuân Thanh và Vũ Đình Duy khi chuyển công tác; có trách nhiệm trong việc đề nghị bổ nhiệm Nguyễn Xuân Sơn như đã nêu trên. Có trách nhiệm liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm tại Dự án Nhà máy sản xuất xơ sợi Polyeste Đình Vũ và các dự án Nhiên liệu sinh học.
Ông Nguyễn Xuân Sơn, nguyên Bí thư Đảng uỷ, Chủ tịch HĐTV Tập đoàn PVN chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn nhiệm kỳ 2010- 2015. Có trách nhiệm trong việc Ban hành Nghị quyết 233/NQ-ĐU của Đảng uỷ và Nghị quyết số 4266/NQ-DKVN của HĐTV, gây hậu quả rất nghiêm trọng. Trong thời gian ông Nguyễn Xuân Sơn là Tổng giám đốc, người đại diện vốn của PVN tại Oceanbank, đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây hậu quả rất nghiêm trọng. Hiện nay ông Nguyễn Xuân Sơn đang bị Cơ quan Cảnh sát điều tra – Bộ Công an tạm giam để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Ông Nguyễn Quốc Khánh, nguyên Bí thư Đảng ủy, Chủ tịch HĐTV, nguyên Ủy viên Ban Thường vụ Đảng ủy, nguyên Phó Tổng Giám đốc cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng ủy Tập đoàn nhiệm kỳ 2010 - 2015; có trách nhiệm trong việc ban hành Nghị quyết 233/NQ-ĐU của Đảng uỷ và Nghị quyết số 4266/NQ- DKVN của HĐTV. Chịu trách nhiệm trong việc tham mưu quyết định chỉ định gói thầu EPC Nhà máy nhiệt điện Long Phú 1, Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2 vi phạm pháp luật, gây hậu quả nghiêm trọng. Có trách nhiệm liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm tại Dự án Nhà máy sản xuất xơ sợi Polyeste Đình Vũ và các dự án Nhiên liệu sinh học.
Những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Đảng uỷ PVN và các cá nhân nêu trên, theo UBKT Trung ương, là rất nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và các cá nhân liên quan. Do đó, căn cứ theo quy định, UBKT Trung ương quyết định cách chức Bí thư Đảng ủy Tập đoàn PVN nhiệm kỳ 2010-2015 đối với ông Phùng Đình Thực; cách chức Phó Bí thư Đảng ủy Tập đoàn PVN nhiệm kỳ 2010-2015 đối với ông Đỗ Văn Hậu; khai trừ ra khỏi Đảng đối với ông Nguyễn Xuân Sơn; cảnh cáo đối với ông Nguyễn Quốc Khánh.
Riêng với ông Đinh La Thăng, UBKT Trung ương đề nghị Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương Đảng xem xét, thi hành kỷ luật theo thẩm quyền.