Năm bị can trong vụ án này gồm: Trần Văn Tiên (SN 1980, trú tại P.Phú Hữu, TP.Thủ Đức, TPHCM), Phạm Mạnh Hùng (SN 1992, trú tại xã Khánh Cường, huyện Yên Khánh, tỉnh Ninh Bình), Phạm Cao Quyền (SN 1992, trú tại P.Hòa Thạnh, Q.Tân Phú, TPHCM) bị truy tố về tội "Mua bán trái phép hóa đơn". Nguyễn Thanh Sơn (SN 1963, trú tại P.Nam Bình) và Lê Hồng Sơn (SN 1973, trú tại P.Đông Thành, TP.Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình) bị truy tố về tội "Trốn thuế".
Theo cáo trạng, Công ty Cổ phần dược phẩm Megamed (gọi tắt là Công ty Megamed) có địa chỉ tại huyện Phúc Thọ, Hà Nội, do Mạc Thế Tạo (SN 1984, ở huyện Kinh Môn, tỉnh Hải Dương) làm Giám đốc, đại diện theo pháp luật.
Ngày 25/11/2022, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Hà Nội nhận được tin báo tố giác về tội phạm của Cục Thuế TP.Hà Nội về việc Công ty Megamed có phát sinh giao dịch nhập, trả hàng số lượng lớn; phát sinh chi phí dịch vụ nhân công, quảng cáo... với 5 công ty đã có thông báo bỏ địa chỉ kinh doanh gồm: Công ty TNHH Vạn Gia (Vạn Gia), Công ty TNHH Thương mại dịch vụ Safetech Việt Nam (Safetech Việt Nam), Công ty TNHH Thương mại dịch vụ LKT (LKT), Công ty TNHH Thương mại Dương Ngân (Dương Ngân) và Công ty TNHH Thương mại dịch vụ Logicstics Thuận Phát (Logicstics Thuận Phát); Công ty Megamed có dấu hiệu tạo lập các hóa đơn chứng từ chi không có thật để hạch toán, kê khai thuế.
Qua điều tra, đã xác định: Từ năm 2019 - 2020, Trần Văn Tiên đã sử dụng pháp nhân của Công ty Vạn Gia, Công ty Safetech Việt Nam và thuê Phạm Mạnh Hùng bán 90 tờ hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT), tổng giá trị hàng hóa hơn 52 tỷ đồng cho Công ty Megamed với chi phí mua bán hóa đơn khoảng 2% giá trị hàng hóa và hưởng lợi số tiền khoảng 300 triệu đồng. Bị can Trần Văn Tiên đã tự nguyện nộp số tiền hưởng lợi là 50 triệu đồng.

Các bị cáo tại tòa
Từ tháng 01 - 7/2023, Phạm Mạnh Hùng và Phạm Cao Quyền đã sử dụng pháp nhân của Công ty Hồng Đức và Công ty Newday để trung gian bán tổng số 42 tờ hóa đơn GTGT, tổng giá trị hàng hóa trước thuế hơn 128 tỷ đồng cho Công ty mỏ Đông Bắc và Công ty Khánh Linh, chi phí mua bán hóa đơn khoảng 3% giá trị hàng hóa, Quyền hưởng lợi khoảng 300 triệu đồng và Hùng hưởng lợi khoảng 300 triệu đồng. Bị can Phạm Mạnh Hùng tự nguyện nộp số tiền hưởng lợi 20 triệu đồng, bị can Phạm Cao Quyền tự nguyện nộp số tiền hưởng lợi 50 triệu đồng.
Nguyễn Thanh Sơn là Giám đốc Công ty Khánh Linh đã mua, sử dụng trái phép 23 tờ hóa đơn GTGT của Công ty Hồng Đức và Công ty Newday để hạch toán, kê khai hàng hóa đầu vào là than các loại nhằm mục đích trốn thuế với số tiền gần 4,5 tỷ đồng. Bị can Nguyễn Thanh Sơn đã tự nguyện nộp số tiền khắc phục hậu quả 960 triệu đồng.
Lê Hồng Sơn là Giám đốc Công ty mỏ Đông Bắc đã mua, sử dụng trái phép 19 tờ hóa đơn GTGT của Công ty Hồng Đức để hạch toán, kê khai hàng hóa đầu vào là than các loại nhằm mục đích trốn thuế với số tiền gần 7,8 tỷ đồng.
Đối với hành vi mua sử dụng hóa đơn GTGT của Mạc Thế Tạo (Giám đốc Công ty Megamed), Cơ quan điều tra xác định: Để hợp thức chứng từ cho 1 số dịch vụ của công ty, từ năm 2019 - 2020, Mạc Thế Tạo đã mua, kê khai hóa đơn GTGT bất hợp pháp. Cụ thể, Công ty Megamed đã mua và sử dụng 90 tờ hóa đơn GTGT của Công ty Vạn Gia và Công ty Safetech Việt Nam thông qua Phạm Mạnh Hùng để hạch toán hàng hóa đầu vào với tổng giá trị hơn 52 tỷ đồng. Ngoài ra, Công ty Megamed còn mua và sử dụng 65 tờ hóa đơn GTGT để hạch toán hàng hóa đầu vào với tổng giá trị 45 tỷ đồng của 3 Công ty: LKT, Dương Ngân và Logicstics Thuận Phát. Tổng số tiền trốn thuế GTGT hơn 5 tỷ đồng.
Tính đến thời điểm trưng cầu giám định, số tiền trốn thuế GTGT nêu trên đã được Công ty Megamed khắc phục và nộp vào ngân sách Nhà nước nên Cơ quan điều tra không xem xét xử lý hình sự đối với Mạc Thế Tạo về tội "Trốn thuế".
Xét xử 55 bị cáo trong vụ mua bán trái phép hóa đơn 14.000 Tỷ đồng
Trước đó, vào thời điểm cuối năm 2024, TAND TPHCM đưa ra xét xử 55 bị cáo trong vụ "Mua bán trái phép hóa đơn, Đưa - Nhận - Môi giới hối lộ, Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ và Trốn thuế", do Bùi Văn Bảo (Giám đốc Công ty CP tư vấn thuế Án Dương) cầm đầu.
Theo cáo trạng, trong quá trình làm dịch vụ khai báo thuế cho các doanh nghiệp, Bảo biết nhiều người có nhu cầu mua hóa đơn thuế GTGT khống để kê khai khấu trừ thuế, nên chỉ đạo nhân viên sử dụng CCCD và CMND (mua từ các tiệm cầm đồ) rồi thuê người đứng ra thành lập công ty hoặc mua lại các pháp nhân. Bảo đã lập và mua lại tổng cộng 35 công ty "ma" để mua bán trái phép hóa đơn GTGT khống. Cơ quan điều tra xác định có 21 người làm trung gian mua bán hóa đơn khống của Bảo bán lại cho nhiều doanh nghiệp, trong đó có Trần Văn Thịnh.
Theo đó, từ năm 2018 - 2020, Thịnh đã mua 2.786 hóa đơn GTGT khống có giá trị hơn 177 tỷ đồng thuộc 19 doanh nghiệp "ma" của Bảo. Từ năm 2020 - 2023, Thịnh tách ra mở đường dây riêng.Tổng cộng, Thịnh thành lập 47 công ty "ma" bán trái phép hơn 29.700 hóa đơn khống với giá trị hơn 8.000 tỷ đồng, hưởng lợi gần 70 tỷ đồng. Tổng cộng, các bị can đã thành lập 165 công ty "ma" để mua bán trái phép hóa đơn GTGT với tổng giá trị gần 14.000 tỷ đồng, thu lợi bất chính hơn 100 tỷ đồng. Để che giấu hành vi phạm tội, Bảo đã móc nối, thỏa thuận đưa hối lộ cho Lê Thành Nhân (công chức Đội quản lý thuế liên phường Chi cục Thuế Q12 - H.Hóc Môn, TPHCM). Nhân có nhiệm vụ tra cứu thông tin tình trạng nộp, khai báo thuế của các công ty "ma" do Bảo thành lập, nhắc nhở đóng thuế đầy đủ, hướng dẫn, cung cấp địa chỉ để thay đổi đăng ký hoạt động của công ty khi có doanh thu cao bất thường. Việc này để tránh sự chú ý, tránh bị cơ quan Thuế kiểm tra, phát hiện.
Từ tháng 8/2018 - 12/2021, Bảo đã nhiều lần trực tiếp hoặc thông qua nhân viên chuyển cho Nhân 1,25 tỷ đồng. Cùng chiêu thức, Thịnh đã thông qua Bùi Thanh Bình đưa tổng cộng 14,4 tỷ đồng hối lộ cho 4 công chức ngành Thuế. Trong đó Bình đưa cho Nguyễn Anh Tuấn 12,7 tỷ đồng và Trần Quốc Duy 662 triệu đồng (đều là công chức Chi cục Thuế khu vực Q7 - H.Nhà Bè), Vương Quốc Hùng 300 triệu đồng (Đội phó Đội kiểm tra nội bộ Chi cục Thuế TP.Thủ Dầu Một), Lê Thành Nhân 100 triệu đồng. Quá trình điều tra, tháng 3/2023, Nguyễn Anh Tuấn đã chết nên Bộ Công an không xem xét hành vi nhận hối lộ.