Người chiến sĩ Điệp báo A10 của Ban An ninh Sài Gòn - Gia Định

Ngày đậu vào trường Đại học Y khoa Sài Gòn, ông được tiếp cận với sách báo và hơn thế nữa là được tiếp cận với thực tế nên ông dần dần giác ngộ, hiểu được thực chất của cuộc chiến và trở thành người chiến sĩ cách mạng. Thời gian này, ông tham gia và giữ nhiều chức vụ trong các Ủy ban đấu tranh chống đàn áp, bắt bớ sinh viên - học sinh, chống quân sự học đường. Trong các phong trào đấu tranh, ông được tín nhiệm bầu làm Chủ tịch các Ủy ban tranh đấu, Trưởng ban đại diện sinh viên Y khoa, Đoàn trưởng đoàn Công tác Y tế sinh viên Y - Nha - Dược, Đoàn trưởng Đoàn văn nghệ sinh viên Y - Nha. 

Năm 1971, Nguyễn Hữu Khánh Duy tham gia an ninh vũ trang. Đến năm 1972 là Cụm phó Cụm Điệp báo A10, Ban An ninh Sài Gòn - Gia Định. Nhiệm vụ của Điệp báo A10 là xây dựng cơ sở bí mật, thu thập tin tức, ý đồ, thủ đoạn và tổ chức của đối phương; tấn công chính trị, tác động và phân hóa hàng ngũ địch; xây dựng lõm căn cứ chính trị trong quần chúng, nhân dân. Để thực hiện các mục tiêu trên, Điệp báo A10 đã xây dựng được mạng lưới học sinh, sinh viên đánh vào các cơ sở trọng yếu của địch, vô hiệu hóa một số chính sách nguy hiểm cho cách mạng. 

Khánh Duy (thứ 3 từ trái qua) lúc là Đoàn trưởng Đoàn công tác Y tế sinh viên Y - Nha - Dược và Ban chấp hành Đoàn (1972-1973)

Năm 1971 - 1972, đoàn công tác Y tế sinh viên Y - Nha - Dược được thành lập để tạo địa bàn hoạt động cho quần chúng cả 3 trường Y - Nha - Dược và các trường đại học khác. Bằng uy tín của mình, Nguyễn Hữu Khánh Duy đã xây dựng cương lĩnh hoạt động của Đoàn - ngụy trang làm công tác y tế - xã hội thuần túy để tiếp cận với quần chúng, nhân dân. Nhờ tính pháp lý vững chắc nên Đoàn đã quy tụ được hàng chục ngàn học sinh, sinh viên và nhân dân. Đoàn thành lập các ban văn nghệ, y tế, xã hội, báo chí... sinh hoạt bằng nhạc yêu nước, nhạc của sinh viên tranh đấu, viết những bài báo chống chiến tranh, kêu gọi hòa bình, đòi dân sinh, dân chủ, chống đàn áp sinh viên, học sinh.

Năm 1973, Nguyễn Hữu Khánh Duy tốt nghiệp bác sĩ, ông bị tổng động viên vào Quân đội Sài Gòn. Chấp hành lệnh của tổ chức, ông tiếp tục chỉ đạo mạng lưới điệp báo tại Sài Gòn, đồng thời tham gia hoạt động trong hàng ngũ địch với cương vị Trung úy, Bác sĩ trưởng Tiểu đoàn 6, Sư đoàn Thủy quân Lục chiến. Với tấm lòng của người cách mạng, ông luôn nhớ các binh sĩ là con em nhân dân nghèo bị địch bắt đi lính, họ không hiểu cách mạng thì phải làm cho họ hiểu, phải phân hóa được hàng ngũ của địch và kéo họ về phía ta. 

Ông Nguyễn Hữu Khánh Duy đưa Trung tướng Nguyễn Văn Long, thứ trưởng Bộ Công an và đoàn đại biểu đi thăm Trung tâm cai nghiện ma túy Thanh Đa

Trên cương vị là bác sĩ, ông có một lợi thế rất lớn là sử dụng quyền hạn của mình đem về cho tổ chức nhiều tư liệu quý giá. Để tấn công chính trị, phân hóa hàng ngũ địch, ông đã xây dựng cơ sở nòng cốt là đồng chí Huỳnh Bá Thành (Họa sĩ Ớt) - Giám đốc kỹ thuật kiêm Thư ký tòa soạn báo Điện Tín của nhóm Dương Văn Minh. Dưới sự chỉ đạo của ông, anh Thành và các cơ sở đã sử dụng báo Điện Tín của Dương Văn Minh thực hiện ý đồ của ta là: vận động dư luận quần chúng theo ý đồ có lợi cho cách mạng. 

Tác động các phóng viên viết bài đấu tranh cho dân sinh, dân chủ, kêu gọi hòa bình, thực hiện nghiêm chỉnh Hiệp định Paris. Đấu tranh để thành lập chính phủ ba thành phần. Thực hiện hòa hợp, hòa giải trên cơ sở pháp lý và Hiệp định Paris mà Mỹ - Thiệu đã ký. Tháng 4/1975, trong trận chiến cuối cùng ông và mạng lưới cơ sở đã tác động đến Dương Văn Minh lựa chọn con đường đầu hàng quân giải phóng, cứu Sài Gòn thoát khỏi cuộc đổ nát.